se il problema diminuisce credo si possa ipotizzare che ci sia un "assestamento" e il primo "imputato" che viene in mente sono ovviamente le gomme (è la parte che più di altre si "assesta").
Visto che non avevi notato questo problema prima di toglierle (quando hai messo le M3) c'è anche la possibilità che si siano "deformate" mentre non erano montate. Le hai tenute tu o le ha tenute il gommista? Sai come sono state immagazzinate?
qualche indicazione l'ho trovata a questo
link in cui c'è questa figura per le gomme NON montate sui cerchi
