Per cambiare l'icona associata all'estensione:
dal menù di Esplora risorse => Strumenti => Opzioni cartella => Tipi di File
selezioni l'estensione GPX e clicchi sul bottone <Avanzate>
da lì dovresti poter scegliere una delle icone contenute nel programma associato con "Apri con" (MS nel tuo caso).
In ogni caso è solo l'icona, non cambia nulla a livello di associazione al programma quindi in teoria puoi anche lasciare tutto così com'è.
Inoltre (regola generale) se anziché cliccare sul file GPX con il tasto sinistro del mouse ci clicchi con il tasto destro, nel sottomenù "apri con" dovresti poter scegliere di volta in volta se aprire il file con MS oppure con Tyre.