[maurodami]

I coperchi sono la parte più "fragile" delle teste del motore, il che è proprio un bene nel tuo caso; infatti buona parte dell'energia (cinetica) si è dissipata durante la rottura oltre che nella deformazione del collettore e del serbatoio.
La parte più "delicata" del motore, nel tuo casi, sarebbe il gruppo bilanciari e sottottostanti valvole.
Dalle foto non si capisce se bilancieri sono stati danneggiati per cui fossi in te mi accingerei alla riparazione "fai da te". In merito al disallineamento non credo che ci dovrebebro essere problemi in quanto il motore (che come ben sai fa di telaio-autoportante) è abbastanza robusto (te lo dico sia perchè ho anch'io un GS sia perchè conoscenze derivanti da esperienza professionale nel settore).
Riguardo al resto è solo una questione economica.