[armaiolo]

guarda, secondo me è una banalità già successa ad una 1100 coetanea della mia (99): se il motore una volta partito non da nessun problema e gira bene, allora può essere (anche se ho dubbi vista la poca differenza di temperatura) che hai qualche connettore nella catena di accensione (centralina, bobine, fusibili micro-int. bocchetto accensione ecc...) che è ossidato, oppure deformato o usurato causa montaggi-smontaggi; con la differente temperatura il connettore si torce leggermente e può dare problemi simili.
nella moto che ho citato il problema era alla scatola fusibili.
sulla 1100 è noto che i cavi si rompono all'interno, prendi in considerazione anche questo, al variare della temperatura un allungamento di una piega del cavo fa la differenza.
problema risolvibile con niente, ma rognosissimo da trovare; più facile (ma non sempre) se hai il gs-911 per i 3 pin, il modello giallo per intenderci.
ti parlo di per esperienza diretta, cosa strana ma successa.