[vertical]

Parere personale (ovviamente), la moto si spegne (a volte) scalando per fermarsi, potrebbe quindi trattarsi o di una carburazione eseguita male o comunque non al meglio o a qualche "disturbo" di tipo elettrico o un qualche problema di alimentazione benzina. Taroccare eventuali sensori o alzare il minimo non risolve il problema semplicemente lo aggira, lo si può fare ma tecnicamente non è risolvere è convivere con il problema.
Hai il catalizzatore (bene) hai verificato che non sia in qualche modo parzialmente intasato?
Pulizia sonda lambda fallo ma non utilizzare solventi o altro, si danneggia.
Air box e tutto quello a monte dei CF è ininfluente ai fini della regolarità del motore (a meno che non ci siano strozzature o filtro aria intasato o cose così).
Hai ricablato il cablaggio sensori Hall, quel cablaggio è schermato per evitare che il debole segnale che va alla centralina venga disturbato dalle candele che scintillano e dal campo magnetico generato dall'alternatore. Se hai solo rifatto la protezione esterna del cablaggio ok ma se hai sostituito i cavi e non li hai schermati hai comunque creato una possibilità di avere problemi.
Ricontrellerei il gioco valvole, che le farfalle dei CF si muovano libere che chiudano come devono (che le carrucole arrivino allo stop di battuta che speriamo non siano stati manomessi) che il condotto di by-pass sia pulito, e che i tappini in gomma sotto i CF siano presenti ed in buono stato. Che il raccordo/collettore in gomma a valle dei CF sia correttamente in sede e in buono stato (li si che non deve prendere aria) e su quel lato le 0-ring dei CF siano in buono condizioni.
Il TPS passerei in BMW a farlo tarare correttamente.
Per l'alimentazione benzina, filtro cambiato? verificato che le tubazioni pompa interne al serbatoio siano correttamente al loro posto con le fascette ben messe e che non presentino i condotti screpolature o fessurazioni che quindi potrebbero creare perdite nel circuito di alimentazione?